Las funciones que realiza este departamento, le permite a la FEPCMAC atender servicios relacionados al Gobierno Corporativo y al Sistema de Control Interno (SCI) a las Cajas Municipales de Ahorro y Crédito (CMAC), tales como: seleccionar a la asociación MYPE más representativa para que designe a un miembro en el directorio de las CMAC, gestionar para el pronunciamiento sobre el nombramiento de gerentes de las CMAC, realizar contrataciones corporativas de servicios y/o consultorías a cargo de empresas especializadas y proveer servicios a las CMAC de acuerdo con la normatividad vigente, así como proponer normas relacionadas. Asimismo, es el departamento encargado de apoyar a la Gerencia Mancomunada, en la implementación del SCI en la FEPCMAC.